Στο κέντρο του Οροπεδίου Λιμνάκαρου, σε υψόμετρο 1150 μέτρων, βρίσκεται ο Ναός του Αγίου Πνεύματος, ένα μικρό πετρόχτιστο εκκλησάκι που είναι αφιερωμένο στο Άγιο Πνεύμα και στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος.
Ο δίκλιτος ναός κουβαλά μεγάλη ιστορία, καθώς έχει δεχτεί πολλές και ριζικές επεμβάσεις στην αρχιτεκτονική του δομή, με κυριότερη του 1875, όπου και προστέθηκε ο βόρειος κλίτος αφιερωμένος στο Άγιο Πνεύμα. Μόλις στα τέλη του 20ου αιώνα ολοκληρώθηκαν οι εργασίες αναστήλωσης του Ναού, που έδωσαν στο νότιο κλίτος την αρχική του μορφή, ενώ αποκαλύφθηκε σωζόμενος τοιχογραφικός διάκοσμος εξαιρετικής σημασίας και αξίας.
Οι τοιχογραφίες που αποκαλύφθηκαν στο κλίτος της Μεταμόρφωσης χρονολογούνται περίπου στο πρώτο μισό του 14ου αιώνα και καθιστούν το Ναό του Αγίου Πνεύματος ως το μοναδικό τοιχογραφημένο ναό στο Οροπέδιο Λασιθίου, κατά την βενετική περίοδο. Ο λόγος είναι ότι το Οροπέδιο Λασιθίου ήταν κλειστό και έρημο σύμφωνα με διάταγμα των Ενετών που απαγόρευε την κατοίκηση σε αυτό, ενώ δεν υπήρχε σε κανένα χωριό της Κρήτης ναός με τοιχογραφίες, συνήθεια που επεκτάθηκε αργότερα.
Ο Ναός Αγίου Πνεύματος μαζεύει πολλούς πιστούς από όλη την Κρήτη κάθε χρόνο και συγκεκριμένα το μεσημέρι της Μεγάλης Παρασκευής που γίνεται η περίφημη περιφορά του Επιταφίου του Αγίου Πνεύματος.